Studi di IAIN Ponorogo hanya dikenakan biaya UKT (Uang Kuliah Tunggal) yang besarannya per semester selalu tetap. Mahasiswa tidak dibebani dengan biaya gedung, biaya ujian, biaya skripsi, biaya KPM (KKN), bahkan biaya wisuda karena seluruh biaya tersebut telah ditanggung oleh negara. Besaran UKT ditetapkan oleh Menteri Agama melalui KMA No.1195 Tahun 2019

Berikut adalah besaran UKT pada masing-masing program studi di Lingkungan IAIN Ponorogo, mulai semester gasal tahun akademik 2021

No Fakultas Jurusan 2021
 I  II  III  IV  V KIPK
1 Fakultas Syariah Ahwal Syakhsiyah    400.000    1.300.000    1.400.000    1.550.000    1.800.000      2.400.000
Muamalah    400.000    1.250.000    1.350.000    1.500.000    1.700.000      2.400.000
Hukum Tata Negara    400.000    1.200.000    1.300.000    1.450.000    1.650.000      2.400.000
2 Fakultas
Tarbiyah dan Ilmu Keguruan
Pendidikan
Agama Islam
   400.000    1.400.000    1.600.000    1.800.000    2.100.000      2.400.000
Pendidikan
Bahasa Arab
   400.000    1.250.000    1.350.000    1.500.000    1.750.000      2.400.000
Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah    400.000    1.300.000    1.400.000    1.550.000    1.800.000      2.400.000
Tadris Bahasa Inggris    400.000    1.300.000    1.400.000    1.550.000    1.800.000      2.400.000
Pendidikan Islam Anak Usia Dini    400.000    1.300.000    1.400.000    1.550.000    1.800.000      2.400.000
Manajemen Pendidikan Islam    400.000    1.300.000    1.400.000    1.550.000    1.800.000      2.400.000
Tadris IPA    400.000    1.250.000    1.350.000    1.500.000    1.700.000      2.400.000
Tadris IPS    400.000    1.250.000    1.350.000    1.500.000    1.700.000      2.400.000
3 Fakultas Ushuluddin,
Adab, dan Dakwah
Ilmu Al-Quran & Tafsir    400.000    1.200.000    1.300.000    1.450.000    1.650.000      2.400.000
Komunikasi Penyiaran Islam    400.000    1.250.000    1.350.000    1.500.000    1.750.000      2.400.000
Bimbingan Penyuluhan Islam    400.000    1.200.000    1.300.000    1.450.000    1.650.000      2.400.000
4 Fakultas Ekonomi
dan Bisnis Islam
Ekonomi Syariah    400.000    1.400.000    1.600.000    1.800.000    2.100.000      2.400.000
Perbankan Syariah    400.000    1.400.000    1.600.000    1.800.000    2.100.000      2.400.000
Manajemen Zakat & Wakaf    400.000    1.000.000    1.100.000    1.200.000    1.400.000      2.400.000
Besaran UKT IAIN Ponorogo